動作しなかったのでそのメモ。
結局、Apache2.4から導入されているmod_deflate というモジュールが原因ということでした。
mod_deflateとは?
クライアントへ送られる前にコンテンツを圧縮するモジュール
mod_deflateが有効になっているとクライアントへ送る前に圧縮するので
ob_flushの都度の出力がまとめられて圧縮されてまとめられてしまっているようです。
とりあえずPHPファイルで圧縮しないようにするhtaccessは以下でいいみたいです。
.htaccessファイル
<Files ~ "\.php"> SetEnv no-gzip </Files>
■参考
Apache モジュール mod_deflate
http://httpd.apache.org/docs/current/ja/mod/mod_deflate.html
Apacheのmod_deflateでコンテンツを圧縮してサイトを高速化する方法
http://oxynotes.com/?p=6519