2019/1/16 追記 現在は以下の記事を参照してください。
PHP「fgetcsvはsetlocaleしないと日本語が読めない」は迷信なのか？
PHP5 で fgetcsvを使ってマルチバイト文字列を読込む際に
日本語が消える、もしくは一部消える現象が起きるのでその対策。
fgetcsvの使い方はここに書いてあります。
fgetcsv — ファイルポインタから行を取得し、CSVフィールドを処理する
注意点
この関数はロケール設定を考慮します。もし LANG が例えば en_US.UTF-8 の場合、 ファイル中
の 1 バイトエンコーディングは間違って読み込まれます。
wonder on server sideにも書いてます。
csvファイルを読み込む
もっと読む PHP5 fgetcsv 日本語文字が消える場合